El Tecnológico de Monterrey establece como una de sus prioridades el realizar investigación en áreas prioritarias, orientada al desarrollo sostenible del país. Campus Cuernavaca se distingue como uno de los campus del sistema orientados a la investigación, destacándose ésta en el área de las Tecnologías de Información y Electrónica. También se realiza investigación en otras áreas: Innovación en la Educación, Administración de Empresas, Humanidades y Ciencias Sociales.

El Campus Cuernavaca cuenta con uno de los grupos de investigación en computación más importantes del país. Destaca el Programa de Doctorado en Ciencias Computacionales, reconocido en el Padrón Nacional de Posgrado de CONACYT.